La historia transcurre en un futuro distópico, en el cual en el año 2199 la Tierra fue bombardeada de manera masiva con asteroides radiactivos por el planeta Gamilus, por lo que la humanidad se encuentra en peligro de extinción. En un puesto de avanzada, en la órbita de Marte, los cadetes Kodai Susumu y Shima Daisuke encuentran una nave espacial accidentada en la cual se encuentra un mensaje de Starsha, reina del planeta Iscandar, que ofrece su ayuda a los terrestres enviándoles un plano para la construcción de un motor que les permitirá viajar más rápido que la luz y así poder alcanzar, en menos de 1 año, el sistema Sunzar, donde está el planeta Iscandar. Allí les facilitará el limpiador de cosmos, el cual eliminará la radiación de la Tierra y restaurará el planeta en muy poco tiempo. Lo que se decide es instalar el motor de ondas en el modificado acorazado Yamato, en el cual su tripulación se embarca en un viaje por el cosmos con el fin de salvar a la Tierra mientras se enfrentan constantemente a los gamilianos.
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