En julio del año 1999 una gigantesca nave de guerra alienígena, luego de un violento ingreso atmosférico, cae sobre la isla de Ataria Sur, en el Océano Pacífico. Después de una investigación inicial y debido a lo descubierto en la nave, una coalición internacional de países, conocida como United Nations Government (Gobierno de Naciones Unificadas, UN), inicia un proyecto armamentístico en el que se incluye la restauración e investigación de la tecnología hallada en la nave bautizada previamente como ASS-1 (Alien Star Ship-1) y que posteriormente después de su restauración sería rebautizada como SDF-1 Macross. Tras los eventos de Macross Zero que ocurrieron en el 2008, el 22 de febrero de 2009, durante la ceremonia de finalización del proyecto, se produce la llegada de los Zentradi, raza alienígena de gigantes similares en su aspecto a los humanos pero con una sociedad basada totalmente en la guerra. La nave restaurada bautizada con el nombre de SDF-1 Macross se enciende sola y dispara contra las naves alienígenas que se aproximan, provocando una guerra con los Zentradi.
La fortaleza espacial Macross luego de realizar un frustrado pliegue espacial, quedando varada cerca de la órbita de Plutón y perdiendo en el proceso sus motores Fold (Fold de Space Fold, Pliegue Espacial) necesarios para realizar dicha acción, se ve forzada a realizar un largo viaje a velocidad de crucero de regreso a la Tierra mientras es constantemente atacada por las fuerzas Zentradi.
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